دکتر مصدق نخست وزیر شد و این زمانی بود که بهائیان در موقعیت و قدرت بالاتری قرار گرفتند. در این زمان، مرحوم فلسفی پیغام و تذکر آیت الله بروجردی (ره) را به مصدق ابلاغ کرد وگفت:«شما رئیس دولت اسلامی ایران هستید و الان بهایی ها درشهرستان ها فعال هستند و مشکلاتی را برای مردم مسلمان ایجاد کرده اند، لذا مرتبا نامه هایی از آنان به عنوان شکایت به آیت الله بروجردی(ره) می رسد. ایشان لازم دانستند که شما در این باره اقدامی بفرمایید».
دکترمصدق به گونه ای تمسخرآمیز باصدای بلند خندید و گفت:«آقای فلسفی، از نظر من، مسلمان و بهایی فرقی ندارند. همه از یک ملت و ایرانی هستند». (خاطرات و مبارزات حجت الاسلام فلسفی، دوانی، علی، ۱۳۸۶: ۱۸۸)
