یکی از ویژگی برجسته تشکیلات بهائیت، ساختار سازمان‌یافته، سلولی و به‌شدت مخفی‌کارانه آن است. اعضای این فرقه در سطوح مختلف «محفل»، «نهاد خادمان»، «مشاوران»، «مربیان نوجوان» و سایر نام‌گذاری‌های خاص تشکیلاتی فعالیت دارند، اما در عین حال، هیچ نشانه رسمی از این ساختار در جامعه دیده نمی‌شود.
افراد وابسته، اغلب در قالب «فعال فرهنگی»، «مربی آموزشی»، «مشاور تربیتی» یا حتی «مربی ورزشی» ظاهر می‌شوند و از پوشش‌هایی چون کلاس موسیقی، آموزش زبان، کارگاه روان‌شناسی و فعالیت زیست‌محیطی استفاده می‌کنند.
این شبکه‌ها به‌گونه‌ای طراحی شده‌اند که هر حلقه تنها با لایه‌ی بالا و پایین خود ارتباط دارد و هرگونه ارتباط با هسته مرکزی (که در نهایت به بیت‌العدل در اسرائیل ختم می‌شود) به‌صورت غیرمستقیم و رمزگذاری‌شده انجام می‌گیرد. یکی از روش‌های رایج در ارتباطات درون‌تشکیلاتی، استفاده از پیام‌رسان‌های رمزدار، اصطلاحات خاص، اسامی رمزی، و حتی پیام‌های فرامتن در قالب دعا یا پیام‌های مناسبتی است.
در این ساختار مخفی، آموزش ایدئولوژیک و جذب نیرو به‌صورت تدریجی و گام‌به‌گام صورت می‌گیرد. نوجوانانی که برای کلاس موسیقی یا زبان ثبت‌نام می‌کنند، به‌تدریج با مفاهیم بهائیت آشنا می‌شوند، وارد حلقه‌های به‌اصطلاح «تربیت معنوی» می‌شوند، سپس از آنها دعوت می‌شود تا در «فعالیت‌های اجتماعی داوطلبانه» شرکت کنند، و در نهایت، پس از غربال‌گری ذهنی و ارزیابی وفاداری، به عنوان عنصر «قابل اعتماد» جذب تشکیلات می‌شوند.
در کنار ساختار مخفی و جذب تدریجی، تشکیلات بهائیت یک نظام مدیریت بحران بسیار حرفه‌ای دارد. در زمان دستگیری اعضا، بلافاصله کمیته‌های پشتیبانی حقوقی، رسانه‌ای و بین‌المللی فعال می‌شوند. این سیستم، با استفاده از نهادهایی چون «جامعه جهانی بهائیان»، فوراً اقدام به مظلوم‌نمایی رسانه‌ای، فشار حقوق بشری و القای روایت‌های دروغین از سرکوب مذهبی می‌کند. در واقع، همان‌قدر که این فرقه در عملیات زیرزمینی برای براندازی فعال است، در مدیریت بیرونی چهره «بی‌گناه، صلح‌طلب و قربانی» نیز استاد است.
