بهائیت می‌کوشد در تعریف از خود، تشکیلاتشان را دارای هارمونی اتحاد درونی و صلح طلب معرفی کند. آنها خود را از تمام مشکلات تاریخی، زد و خوردهای خشن، تعصبات، درگیریهای فرقه‌ای، مسلک گرایی، فرقه گرایی و سایر ضعف های سازمانی که به زعم آنها در دیگر ادیان دیده می شود، مبرا می دانند. آنها موضوع را این طور برجسته می کنند:
«نظام اداری بهائی… به خاطر ریشه ها و ویژگی های ممتازش در تاریخ ادیان جهان بی نظیر است. می توان به جرئت گفت که هیچ پیامبری قبل از بهاء الله … نتوانسته چیزی بیاورد که این طور به ثبت رسیده باشد و بتوان آن را با نظم اداری امر قیاس کرد؛ نظمی که عبدالبها از تعالیم بهاءالله ساخته است. به دلیل وجود قوانین اداری که خالق آن را تثبیت کرده تشکیلاتی که او به وجود آورده و حق تفسیری که به او – ولی امر الله شوقی افندی – افاضه کرده این نظم می تواند و باید این عقیده را از گسستگی حفظ کند؛ امری که در سایر ادیان دیده نشده است. در قدرت مطلق نظم اداری بهائی، راز این قدرت و تفاوت اصلی آن با نظامات سایر ادیان و سلاحی در برابر چند دستگی و اضمحلال نهفته است»
قطعی و بی چون و چرا بودن، نظم الهی بهائیان را از هرگونه تفرقه و نفاق درونی حفظ می کند. آنها اعتقادات و تشکیلات خود را دارای اتحاد غیر قابل گسست و تزلزل و غیر قابل بحث بر می شمارند. ولی هنگامی که تاریخ را ورق می زنیم با حقایقی رو به رو می شویم که با آنچه بهائیان از خود به تصویر می کشند. در تضادی آشکار است.
در همان سالهای اول تاریخ بهائی، چند دستگی داخلی، دشمنی ها و درگیریهای خونین و نیز دودستگی و دعوا و نزاع بر سر جانشینی دیده می شود که تا به امروز ادامه داشته است. سیر تاریخ پیچیده بهائی از آنجا شروع می شود که، در سال ۱۸۴۴ هجری در شیراز شخصی به نام على محمد باب (متولد ۱۸۱۹) مدعی شد که باب امام مهدی موعود شیعیان است. او توانست پیروان زیادی را دور خود جمع کند به عنوان یک شیعه ارتدکس و مخالف دولت در صدد برآمد تا دولتی الهی بر اساس تعالیم خویش تاسیس نماید. در سالهای ۱۸۴۸، ۱۸۵۱ و ۱۸۵۳ پیروان او به امید تحقق این هدف در صحنه های مختلف اقدام به جهاد و آشوب خونین در برابر نظام دینی و نظام سیاسی و دولت حاکم کردند.
البته تمام شورش ها شکست خورد و علی محمد باب (که از سال ۱۸۴۶ در زندان بود) در سال ۱۸۵۰ در ملا عام تیرباران شد. باب، يحيى صبح ازل ۱۹ ساله را به عنوان جانشین خود انتخاب کرد برادر ناتنی او، میرزا حسینعلی که ۱۳ سال از او بزرگ تر بود بعدها با لقب بهاء الله به عنوان موسس آیین بهائی شناخته شد. صبح ازل قابلیت رهبری اندکی از خود نشان داد و برادرش همواره به این بهانه رهبری را از آن خود می دانست. خصومت و دشمنی بین دو برادر سالها با تندی و تلخی و گاهی با خشونت ادامه یافت و در سالهای ۱۸۶۶ و ۱۸۶۷ سرانجام با ایجاد شکاف و جدایی بین دو رقیب ختم شد. میرزا حسینعلی پیروز توانست با این ادعا که حامل امر جدید الهی است اکثر بابیان را به سوی خود جلب کند. آیین جدید بهائی پدید آمد؛ در حالی که آیین بابی هم با تعداد اندکی پیرو به زندگی و حیات خود ادامه داد. پس از مرگ بهاء الله (۱۸۹۲) پسر بزرگ او عباس معروف به عبدالبهاء جانشین پدر شد.
البته در این مرحله نیز وضعیت به همین صورت باقی نماند و برادر کوچک تر او محمد علی که دو برادر دیگرش بدیع الله و ضیاء الله، اکثر اعضای خانواده حضرت بهاء الله و نیز دیگر پیروان به او ملحق شده بودند بر سر جانشینی، دعوا راه انداخت. این نزاع، با این اختلافات از سالها درگیری با پیروزی عبدالبها به پایان رسید؛ ولی نتیجه آن ایجاد دو دستگی خانواده مظهر الاهی بود.
در سال ۱۹۲۱ شوقی افندی (۱۸۹۷-۱۹۵۷) بر طبق یک وصیتنامه مورد اختلاف از سوی عبد البهاء، به عنوان ولی امر الله رهبری جامعه بهائی را به عهده گرفت. تحت رهبری دینی او، خانواده پیامبر آیین وحدت، کاملا از هم پاشید به طوری که پس از مرگ او در سال ۱۹۵۷ کسی باقی نماند که جانشین او شود و به این ترتیب مسولیت الاهی و جایگاه ولی امراللهی پس از مرگ نخستین ولی امر الله پایان یافت.
در نوامبر ۱۹۵۰ ، «شورای بین المللی بهائی» به عنوان مرحله جنيني بيت العدل جهانی تاسیس شد تا رهبری جامعه بین المللی بهائی را عهده دار شود.
ریاست این شورا طبق حکم شوقی ربانی بر عهده ایادی امر الله، چارلز میسن ریمی قرار گرفت میسن ریمی (۱۹۷۴) – ۱۸۷۴) در سال ۱۹۶۰ ادعا کرد که دومین ولی امر الله است. اما او از سوی شورای ایادیان مقیم ارض اقدس از جامعه بهائی طرد شد و خود طبق اصل جانشینی ولی امر الله فرقه خود را تاسیس کرد که امروزه با نام «جامعه بهائیان ارتدکس» معروف هستند.
حدود صد سال نزاع مداوم بر سر جانشینی این یا آن با تاسیس بیت العدل جهانی به پایان رسید. مقر این بالاترین نهاد و موسسه بهائی در حیفا است و نه نفر عضو آن هر پنج سال یکبار انتخاب می شوند. در آثار و نوشته های بهائی به ندرت در مورد این حقایق تاریخی مطلبی یافت می شود. این مطالب یا انکار شده، و یا برای حفظ ظاهر تفسیر می شوند و هر گروه با حرارت زیاد به ستایش رهبر خود می پردازد. گذشته و حال جامعه بهائی کمتر با دید نقادانه نگریسته می شود؛ تا جایی که اکثر پیروان همانند قبل هنوز بر این عقیده اند که جامعه و نهادهای بهائی تاریخی بدون درگیری و تعصب داشته اند.
